Do hoàn cảnh hỗn loạn khi vụ thảm sát xảy ra và việc Lục quân Hoa Kỳ không thực hiện thống kê chính xác số nạn nhân, người ta không biết được hoàn toàn chính xác số dân thường bị lính Mỹ giết hại tại Mỹ Lai. Con số ghi lại tại Khu chứng tích Sơn Mỹ là 504 dân thường từ 1 tuổi đến 82 tuổi, trong đó có: 182 phụ nữ (có 17 người đang mang thai), 173 trẻ em (có 56 em dưới 5 tháng tuổi), 60 cụ già trên 60 tuổi, 89 trung niên.[3]. Con số do phía Mỹ đưa ra thấp hơn, 347 nạn nhân[2].

Có 247 căn nhà bị lính Mỹ thiêu hủy, hàng ngàn trâu bò, gia súc cũng bị giết.

Sự che giấu của quân đội Hoa Kỳ

Những báo cáo đầu tiên của các đơn vị lính Mỹ đã tuyên bố rằng "128 Việt Cộng và 22 dân thường" bị giết tại làng sau "cuộc đọ súng ác liệt". Theo báo Stars and Stripes của Lục quân Hoa Kỳ vào thời điểm đó đưa tin thì "Bộ binh Hoa Kỳ đã giết 128 tên Cộng sản sau một trận đánh đẫm máu kéo dài 1 ngày mà không bị thương vong một binh sĩ nào". Trong bức điện mừng, Tướng William Westmoreland, tư lệnh chiến trường Việt Nam đã tán dương "cú giáng mạnh" này lên kẻ thù. Thuộc hạ của ông, tư lệnh Sư đoàn Americal 23 bộ binh còn viết thư ca ngợi "cuộc đọ súng ác liệt" của Đại đội C.

Những báo cáo sau này của phía Việt Nam thì tuyên bố rằng "toàn bộ số người dân bị lính Mỹ giết tại Mỹ Lai đều là dân thường".

Cuộc điều tra đầu tiên về chiến dịch Mỹ Lai được thiếu tướng George H. Young giao cho đại tá Henderson, sĩ quan chỉ huy của Lữ đoàn bộ binh hạng nhẹ số 11 phụ trách. Henderson đã thẩm vấn một số binh lính tham gia vụ thảm sát, sau đó đưa ra một báo cáo vào cuối tháng 4 ghi nhận rằng khoảng 22 dân thường đã bị giết hại một cách không cố ý trong chiến dịch. Quân đội Mỹ lúc này vẫn coi sự kiện ở Mỹ Lai là một chiến thắng quân sự khi lính Mỹ đã tiêu diệt được 128 lính đối phương.

Sáu tháng sau, Tom Glen, một binh sĩ 21 tuổi của Lữ đoàn 11, đã viết một lá thư cho tướng Creighton Abrams, tổng chỉ huy mới của các lực lượng Hoa Kỳ tại Việt Nam. Trong lá thư Glen buộc tội Sư đoàn Americal, tức Sư đoàn bộ binh số 23 (và toàn bộ các đơn vị lính Mỹ khác) liên tục sử dụng bạo lực chống lại dân thường Việt Nam, lá thư không trực tiếp nhắc tới vụ Mỹ Lai vì Glen không biết nhiều về vụ tàn sát. Một trong các sĩ quan được giao phân tích lá thư là Colin Powell. Trong báo cáo phân tích, Powell viết: "Điều phản bác lại những gì miêu tả trong bức thư là sự thật rằng quan hệ giữa binh sĩ Hoa Kỳ và người dân Việt Nam là tuyệt vời", một vài nhà quan sát cho rằng cách thức Powell xử lý lá thư đồng nghĩa với việc rửa sạch sự tàn bạo của quân đội Hoa Kỳ ở Mỹ Lai[25]. Tháng 5 năm 2004, Powell, khi này đã là Ngoại trưởng Hoa Kỳ, đã trả lời trong chương trình của Larry King trên đài CNN: "Ý tôi là, tôi đã ở trong đơn vị chịu trách nhiệm về vấn đề Mỹ Lai. Tôi ở đó sau khi sự kiện xảy ra. Mà trong chiến tranh thì những vụ việc kinh khủng như vậy vẫn xảy ra, và chúng ta vẫn phải ân hận về chúng"[26].

Bất chấp mọi thông cáo, bản tin trên đài phát thanh và những bản báo cáo bằng tiếng Anh được phía quân Giải phóng đưa ra, trong vòng hơn một năm liền, thế giới vẫn chỉ biết tới Mỹ Lai như một "trận đánh thắng lợi" của lính Mỹ.

Điều tra

Sự thật rất có thể sẽ bị vùi lấp mãi mãi nếu như không có cựu chiến binh Mỹ Ronald Ridenhour tiết lộ. Tận mắt thấy những dân thường bị sát hại ở khắp mọi nơi ở Việt Nam, người lính 22 tuổi Ridenhour tuy không nằm trong số những người lính tham gia trực tiếp vào vụ Mỹ Lai, nhưng anh đã nghe chính những người lính tham gia vào vụ việc Pinkville ngày hôm đó kể cho nghe về vụ thảm sát. Không nao núng, người lính trẻ Ridenhour đã có một hành động chưa từng có, đó là cẩn thận thu thập lời khai từ nhiều người Mỹ đã chứng kiến vụ việc. Rồi sau một năm nghĩa vụ quân sự, Ridenhour trở về Mỹ và quyết tâm theo đuổi đến cùng để đưa sự việc ra ánh sáng công luận.

Vụ thảm sát Mỹ Lai có lẽ sẽ tiếp tục bị che giấu nếu không có bức thư thứ hai của Ron Ridenhour. Ridenhour, một thành viên cũ của Đại đội Charlie và biết về vụ thảm sát qua lời kể của đồng đội, vào tháng 3 năm 1969 đã gửi một lá thư trình bày chi tiết sự kiện Mỹ Lai cho tổng thống Richard M. Nixon, Lầu Năm Góc, Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ, Bộ Tham mưu Liên quân và một số thành viên của Quốc hội Hoa Kỳ[27]. Phần lớn những người được nhận thư đã bỏ qua tầm quan trọng của nó.

Độc lập với chính phủ, nhà báo Seymour Hersh đã tiến hành cuộc điều tra về vụ Mỹ Lai thông qua các cuộc nói chuyện với Calley. Ngày 12 tháng 11 năm 1969 vụ việc Mỹ Lai vỡ lở. Ngày 20 tháng 11, các tạp chí lớn như Time, Life và Newsweek đồng loạt đăng lên trang bìa vụ thảm sát Mỹ Lai, đài truyền hình CBS cũng phát sóng cuộc phỏng vấn với Paul Meadlo. Tờ Plain Dealer ở Cleveland còn mạnh dạn hơn khi đăng các bức ảnh mô tả những dân thường bị giết trong vụ thảm sát. Tháng 11 năm 1969, tướng William R. Peers được chỉ định điều tra về sự kiện Mỹ Lai và các hành động che giấu của Lục quân Hoa Kỳ. Bản báo cáo cuối cùng, bản báo cáo Peers (Peers Report[28]), được công bố tháng 3 năm 1970, đã chỉ trích mạnh mẽ việc các sĩ quan cấp cao che giấu vụ việc cũng như những hành động của các sĩ quan thuộc Đại đội Charlie tại làng Mỹ Lai 4[29]. Theo đó:

Các binh lính [tiểu đoàn 1] đã giết ít nhất từ 175 đến 200 đàn ông, phụ nữ và trẻ em Việt Nam. Dù trong số bị giết có người ủng hộ hoặc thân với Việt Cộng (họ không mang vũ khí, gồm đàn ông, phụ nữ và trẻ em) nhưng nhiều bằng chứng đã xác nhận rõ chỉ có 3-4 người đích thực là Việt Cộng (VC). Một lính của đại đội được ghi nhận đã vô ý bị thương lúc nạp đạn.[4][30]

Các phiên tòa

Ngày 17 tháng 3 năm 1970, Lục quân Hoa Kỳ đã buộc tội 14 sĩ quan, bao gồm cả thiếu tướng Samuel W. Koster, sĩ quan chỉ huy Sư đoàn Americal (Sư đoàn bộ binh số 23), về việc che giấu thông tin liên quan tới sự kiện Mỹ Lai. Phần lớn các lời buộc tội sau đó đã được hủy bỏ. Chỉ huy lữ đoàn Henderson là sĩ quan duy nhất phải ra tòa án binh về tội che giấu thông tin, dù vậy ông này cũng được tuyên bố trắng án ngày 17 tháng 12 năm 1971[31]

Sau phiên tòa 10 tháng, mặc dù đã tuyên bố mình chỉ tuân theo mệnh lệnh của sĩ quan cấp trên (đại úy Medina), Calley bị tòa tuyên là có tội ngày 10 tháng 9 năm 1971 với các tội danh giết người có chủ ý và ra lệnh cho cấp dưới nổ súng. Ban đầu Calley bị tuyên án chung thân nhưng chỉ 2 ngày sau tổng thống Nixon đã ra lệnh thả Calley. Sau cùng Calley chỉ phải chịu án 4 tháng rưỡi ngồi tù quân sự tại Fort Leavenworth, Kansas, trong thời gian này anh ta vẫn được bạn gái thăm nuôi không hạn chế[32]. Trong một phiên tòa khác, Medina phủ nhận việc ra lệnh thảm sát, và được tuyên trắng án ở tất cả các lời buộc tội. Vài tháng sau phiên tòa, Medina thừa nhận đã che giấu bằng chứng và nói dối Henderson về con số dân thường bị giết[33]. Phần lớn các binh lính có dính líu tới vụ thảm sát Mỹ Lai khi phiên tòa xảy ra đã giải ngũ, vì vậy họ được miễn truy tố. Trong số 26 người bị buộc tội, chỉ có duy nhất Calley bị kết án.

Calley cho rằng anh ta nên đặt nhiệm vụ mà Tổ quốc giao cho lên trên cái tôi của mình. Khi tiến vào Mỹ Lai, tất cả đàn ông ở đâu? Thôn Mỹ Lai toàn là phụ nữ và trẻ em, không có thanh niên nào cả. Điều đó có nghĩa là cha chúng xa nhà đi chiến đấu. Calley tuyên bố những phụ nữ và trẻ em mà anh ta sát hại "chắc chắn là Việt Cộng"[34].

Những người ủng hộ cuộc chiến cho rằng Calley đang làm nhiệm vụ. Phe chống đối thì cho rằng anh ta chỉ là người giơ đầu chịu báng.

Ngày 19 tháng 8 năm 2009, trong lúc phát biểu tại Kiwanis Club, Greater Columbus, lần đầu tiên William L.Calley công khai lên tiếng xin lỗi nạn nhân[35]. Ông nói: "Không một ngày nào trôi qua mà tôi không cảm thấy hối hận vì những gì đã xảy ra ngày hôm đó tại Mỹ Lai"[36]

Những người sống sót

Trong vụ thảm sát ở Mỹ Lai, có một số người sống sót nhờ được xác của những người thân che chắn khỏi những làn đạn của lính Mỹ, một trong số đó là Đỗ Ba (Đỗ Hòa), người đã được phi đội Thompson cứu khỏi cái mương đầy xác chết[37]. Những người sống sót sau đó đã tái định cư tại khu lán trại nằm ở thôn Mỹ Lai 2. Khu định cư này gần như đã bị phá hủy sau cuộc pháo kích và không kích của Quân lực Việt Nam Cộng hòa mùa xuân năm 1972. Vụ phá hủy đầu tiên được đổ cho Việt Cộng nhưng sự thật sau đó đã được các nhân viên Quaker làm việc ở Quảng Ngãi công bố. Vụ việc này sau đó đã được đăng trên tờ New York Times tháng 6 năm 1972[38].